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新京报 10-28

北京新发地疫情病毒来自何方?最新结论来了

结合全面的流行病学调查和大数据分析,揭示了该疫情可能源于冷链食品污染,提出冷链运输可能是新冠病毒传播的新途径。

据清华大学结构生物学高精尖创新中心微信公众号消息,2020 年 6 月 11 日,1 例新冠病毒感染患者突现,打破了北京连续 56 天无新增病例的平静。该患者 ( 指示病例 ) 马上就被收治,病情也很快得到控制,但是他从何处感染了病毒,却成了一个谜。

为了进一步查清新发地疫情的病毒来源,多家单位联合攻关。2020 年 10 月 23 日,清华大学、北京市疾病预防控制中心、中国医学科学院病原生物学研究所、北京大学、中国科学院北京基因组研究所的研究人员在《国家科学评论》 ( National Science Review ) 上在线发表题为 " 北京新冠肺炎疫情再现可能源于冷链食品污染 "。

该论文通过对 2020 年 6 月北京疫情相关病例、环境与食品等样品的核酸测序和病毒基因组序列分析,结合全面的流行病学调查和大数据分析,揭示了该疫情可能源于冷链食品污染,提出冷链运输可能是新冠病毒传播的新途径。

针对指示病例的流行病学调查和大数据分析,通过对其所到地区和接触人员的排查,发现 2 份来自北京新发地市场的环境样本呈现新冠病毒核酸阳性。随后对该市场 538 名员工扩大进行病毒核酸筛查,又发现 45 人为阳性。新发地市场随即成为关注的焦点,北京市有关部门果断对该市场采取关闭措施,以有力遏止疫情的蔓延。

6 月 15 日,北京市启动了全市核酸筛查。通过对 1000 余万人口和 5000 余份环境样本的检测,共发现 368 人新冠病毒核酸阳性。这些感染者均与新发地市场有直接或者间接关联:其中 169 人是新发地市场的工作人员,103 人于 5 月 30 日至 6 月 12 日期间去过新发地市场,其余 96 人均为上述人员的接触者。未发现独立于该市场的早期传播链或独立传播链,提示新发地市场是此次疫情暴发的单一源头。

结合新发地市场流行病学调查,研究人员初步确定综合交易大厅地下一层 ( 牛羊肉大厅 ) 水产区 S14 号摊位可能是感染的源头:S14 号摊位的 7 位工作人员均为新冠确诊病例,且症状出现时间相对较早。根据流行病学模型推断的疫情开始时间范围内,共有 5 位顾客新冠抗体检测阳性,且这 5 位顾客都到访过 S14 号摊位。这 5 位顾客及其密切接触者在过去 14 天内都未到访过中高风险区域或接触来自中高风险区域的人员,进一步提示疫情是由新发地市场向外传播。

研究团队进一步利用自主开发的低病毒载量样品处理方法,对 110 个病例和环境样本进行了高通量核酸测序,共获得了 72 条高质量的新冠病毒基因组序列。分析发现,这些序列均具有 8 个特征性突变位点 ( C241T、C3037T、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC 和 C6026T ) ,这些位点在我国此前的本土和输入病例中从未发现过。与新冠病毒基因序列数据库比对,发现除 C6026T 之外,具有其它 7 个突变位点的病毒主要存在于欧洲。这些结果进一步提示新发地疫情的病毒应为单一性的新发境外输入。

综合上述结果,同时确认 S14 号摊位的工作人员未接触过疑似或确诊新冠病毒感染者,且 5 月至 6 月初期北京也无报告新增感染病例,提示病毒极可能来源于境外输入。进一步调查显示,S14 号摊位售卖的物品中冰鲜三文鱼是唯一来自境外的商品,且摊主曾于 5 月 30 日从某供应商 ( X 公司 ) 处采买过从存在新冠病毒疫情国家进口、包装完整的三文鱼,在市场内切割处理后零售。

为此,对新发地市场内所有三文鱼供应商的冷库进行了采样检测,发现 X 公司有 5 份鱼体拭子样本呈新冠病毒核酸阳性,其中 1 份未开封鱼体拭子样本中测序获得的病毒基因组序列与本次疫情中人和环境样本中的病毒高度同源。

因未能从鱼体上分离获得活病毒,因此尚无法证明鱼体上的病毒活力。但是将高质量病毒基因组序列特征分析与流行病学调查结合,提示来自境外疫情高发区的冷链进口食品极有可能为本次新发地疫情病毒源头。在本文发表过程中,中国疾控中心报告从青岛获取的冷链食品中分离出新冠病毒,进一步提示冷链食品可能是新冠病毒传播的重要途径。本研究对于揭示北京新发地疫情的病毒来源提供了重要证据,为优化疫情常态化防控策略提供了重要依据。

北京市疾病预防控制中心庞星火主任医师、吴双胜主管医师,中国医学科学院病原生物学研究所任丽丽研究员和中国科学院北京基因组研究所研究生马文泰为论文共同第一作者。中国医学科学院病原生物学研究所王健伟研究员,北京大学北京未来基因诊断高精尖创新中心 / 生物医学前沿创新中心 / 化学学院黄岩谊教授,清华大学 ( 北京 ) 结构生物学高精尖创新中心 / 生命科学学院王建斌研究员,中国科学院北京基因组研究所 ( 国家生物信息中心 ) 李明锟研究员,北京市疾病预防控制中心王全意研究员、潘阳副研究员为共同通讯作者。

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